Секвенирование NGS Выбраны параметры: ДНК-дисплей, Россия

Набор адаптеров предназначен для приготовления библиотек ДНК для дальнейшего секвенирования методом NGS на платформах Illumina. Использование адаптеров обеспечивает связывание исследуемых фрагментов дцДНК с поверхностью проточной ячейки секвенатора и их идентификацию. Лигирование адаптеров, содержащих уникальные последовательности (индексы), к фрагментам исследуемой дцДНК позволяет однозначно маркировать исследуемые образцы и проводить секвенирование нескольких образцов в одной проточной ячейке.

Лигирование адаптеров и дальнейшее обогащение библиотек рекомендуется проводить с помощью набора для подготовки NGS библиотек LIB Display.

Состав набора адаптеров ADP Display

• Набор из 8 адаптеров "ADP Display (8)" позволяет приготовить 4 библиотеки на 8 образцов, всего 32 библиотеки.
• Набор из 24 адаптеров "ADP Display (24)" позволяет приготовить 4 библиотеки на 24 образца, всего 96 библиотек.
• Набор из 96 адаптеров "ADP Display (96)" позволяет приготовить 4 библиотеки на 96 образцов, всего 384 библиотеки.

Хранение компонентов набора: от - 18 до - 20 °С в течении 12 месяцев.

Транспортирование: при температуре не выше - 18 °С.

Набор предназначен для подготовки NGS библиотек на платформе секвенирования Illumina. Приготовление библиотек с помощью набора LIB Display состоит из двух этапов. В ходе первого этапа происходит Т–А лигирование Y-адаптеров с фрагментами исследуемой ДНК. На втором этапе проводят обогащение продуктов реакции методом ПЦР. Дальнейший анализ полученной библиотеки проводится методом NGS на платформах Illumina с использованием соответствующих реагентов.

В состав данного набора реагентов не входят Y-адаптеры с индексами. Для проведения этапа лигирования рекомендуется использовать набор адаптеров ADP Display. Возможно использование наборов от других производителей, в основе которых лежит принцип Т–А лигирования.

Преимущества набора LIB Display

• Небольшое количество исходного материала ДНК, нг – 10-100;
• получение библиотек за 4 часа;
• возможность использования с любыми наборами адаптеров, ориентированных на принцип Т-А лигирования;
• удобные протоколы-получение готовых библиотек в 2 этапа.

Состав набора

Наименование реагента	Пробирка, шт.	Цвет крышки пробирки		Номинальный объем, мкл
				На 8 реакций	На 24 реакции	На 96 реакций
Смесь ферментов А	1		Синий	32	96	384
Смесь ферментов Б	1		Красный	8	24	96
Буфер А	1		Зеленый	48	144	576
Буфер Б	1		Желтый	40	120	480
Смесь праймеров	1		Черный	16	48	192
Вода для ПЦР	1		Белый	400	800	1900

Хранение компонентов набора: от - 18 до - 20 °С в течении 12 месяцев.

Транспортирование: при температуре не выше - 18 °С.

Набор WGA Display обеспечивает высококачественную полногеномную амплификацию малого количества ДНК (от 15 пг) с выходом 1 — 2 мкг продукта. Амплификация ДНК проводится в одной пробирке в одну стадию с использованием несложного протокола. Методом полногеномной амплификации является улучшенная версия дегенеративной олиго-ПЦР (DOP-PCR). Ключевой компонент набора уникальный инновационный фермент — SD ДНК-полимераза позволяет амплифицировать фрагменты в диапазоне 0,25 – 3 kb, а также обеспечивает высокую скорость процесса.

Области использования набора WGA Display

Продукт амплификации, полученный с помощью набора реагентов, может быть использован для следующих видов анализа:

• анализ ДНК, выделенной из единичных клеток (Single cell DNA analysis);
• анализ вариации числа копий (Copy Number Variation (CNV) analysis);
• анализ методом массового параллельного секвенирования (Next Generation Sequencing (NGS) analysis);
• анализ однонуклеотидных полиморфизмов (Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Genotyping);
• анализ коротких тандемных повторов (Short Tandem Repeat (STR) analysis) и полиморфизма длин рестрикционных фрагментов (Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) analysis);
• анализ методом сравнительной геномной гибридизации (Comparative Genomic Hybridization (CGH)).

Преимущества набора WGA Display

• Минимальное количество исходного материала ДНК, пг – от 15;
• амплификация в одну стадию в одной пробирке;
• высокая воспроизводимость;
• длина получаемых фрагментов, п.н. – 250-3000;
• универсальность использования ампликонов: микрочипы (CGH), NGS на различных платформах, ПЦР (Real-Time и Digital).

Состав набора

Наименование реагента	Пробирка, шт.	Цвет крышки пробирки		Номинальный объем, мкл
				На 8 реакций	На 24 реакции	На 96 реакций
2,5x ММ (мастер-микс)	1		Фиолетовый	165	300	1100
SD ДНК-полимераза	1		Красный	33	60	212
Контрольная ДНК, 50 нг/мкл	1		Зеленый	30	30	30
5х ПЦР смесь	1		Прозрачный	75	135	495
Taq ДНК-полимераза	1		Синий	15	27	99
50x SYBR green	1		Черный	8	14	50
Вода для ПЦР	N*		Белый	1400	1400	1400

* – Для наборов на 12 реакций N = 1, на 24 и 96 реакций N = 2.

Хранение компонентов набора: от - 18 до - 20 °С в течении 12 месяцев.

Транспортирование: при температуре не выше - 18 °С.

Набор SC WGA Display обеспечивает высококачественную полногеномную амплификацию малого количества ДНК (от 15 пг), выделенной из единичных клеток, с выходом 1 — 2 мкг продукта. Амплификация ДНК проводится в одной пробирке в одну стадию с использованием несложного протокола. Методом полногеномной амплификации является улучшенная версия дегенеративной олиго-ПЦР (DOP-PCR). Ключевой компонент набора уникальный инновационный фермент — SD ДНК-полимераза позволяет амплифицировать фрагменты в диапазоне 0,25 – 3 kb, а также обеспечивает высокую скорость процесса.

Отличается от набора WGA Display наличием в составе буфера и фермента для лизиса единичных клеток.

Области использования набора SC WGA Display

Продукт амплификации, полученный с помощью набора реагентов, может быть использован для следующих видов анализа:

• анализ ДНК, выделенной из единичных клеток (Single cell DNA analysis);
• анализ вариации числа копий (Copy Number Variation (CNV) analysis);
• анализ методом массового параллельного секвенирования (Next Generation Sequencing (NGS) analysis);
• анализ однонуклеотидных полиморфизмов (Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Genotyping);
• анализ коротких тандемных повторов (Short Tandem Repeat (STR) analysis) и полиморфизма длин рестрикционных фрагментов (Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) analysis);
• анализ методом сравнительной геномной гибридизации (Comparative Genomic Hybridization (CGH)).

Преимущества набора SC WGA Display

• Минимальное количество исходного материала ДНК, пг – от 15;
• амплификация в одну стадию в одной пробирке;
• высокая воспроизводимость;
• длина получаемых фрагментов, п.н. – 250-3000;
• универсальность использования ампликонов: микрочипы (CGH), NGS на различных платформах, ПЦР (Real-Time и Digital).

Состав набора

Наименование реагента	Пробирка, шт.	Цвет крышки пробирки		Номинальный объем, мкл
				На 8 реакций	На 24 реакции	На 96 реакций
2,5x ММ (мастер-микс)	1		Фиолетовый	165	300	1100
SD ДНК-полимераза	1		Красный	33	60	212
Контрольная ДНК, 50 нг/мкл	1		Зеленый	30	30	30
Буфер для лизиса клеток	1		Желтый	38	68	248
Фермент для лизиса клеток	1		Оранжевый	15	27	99
5х ПЦР смесь	1		Прозрачный	75	135	495
Taq ДНК-полимераза	1		Синий	15	27	99
50x SYBR green	1		Черный	8	14	50
Вода для ПЦР	N*		Белый	1400	1400	1400

* – Для наборов на 12 реакций N = 1, на 24 и 96 реакций N = 2.

Хранение компонентов набора: от - 18 до - 20 °С в течении 12 месяцев.

Транспортирование: при температуре не выше - 18 °С.

Набор FTP Display обеспечивает ферментативную фрагментацию двуцепочечной ДНК, при этом позволяет достаточно просто варьировать размер получаемых фрагментов в диапазоне 100 – 800 п.н. Суть метода заключается в использовании двух ферментативных реакций: создание разрезов (ников) в ДНК с помощью неспецифической ДНКазы I и дальнейшая полимеризация с вытеснением комплементарной цепи ДНК с помощью термостабильной SD ДНК-полимеразы. В результате генерируется ряд двуцепочечных фрагментов ДНК с перекрывающимися участками. Полученные фрагменты не требуют дополнительного восстановления концов (как в случае других методов фрагментации) и могут быть сразу использованы для присоединения служебных последовательностей (адаптеров, индексов).

Процедура фрагментации проводится в одной пробирке, что существенно сокращает время работы и обеспечивает высокий практический выход реакции. Высокое качество получаемых фрагментов ДНК гарантирует в дальнейшем создание качественных библиотек для массового параллельного секвенирования (NGS).

Преимущества набора FTP Display

• Небольшое количество исходного материала ДНК, нг – от 10;
• заменяет соникаторы и небулизаторы при пробоподготовке к NGS;
• простая и быстрая фрагментация в одной пробирке;
• большая чем при физической фрагментации сохранность структуры концов фрагментов;
• объединяет в одном этапе фрагментацию, восстановление концов ДНК и аденилирование.

Состав набора

Наименование реагента	Пробирка, шт.	Цвет крышки пробирки		Номинальный объем, мкл
				На 8 реакций	На 24 реакции	На 96 реакций
Реакционный буфер	1		Желтый	60	170	675
Смесь ферментов	1		Красный	80	240	960
Активатор	1		Черный	64	192	768
Вода для ПЦР	1		Белый	400	800	1400

Хранение компонентов набора: от - 18 до - 20 °С в течении 12 месяцев.

Транспортирование: при температуре не выше - 18 °С.