RACS-Seq — это интегрированная система инструментов, которая объединяет профилирование метаболических явлений отдельных клеток, рамановскую сортировку клеток, подготовку образцов для секвенирования генома отдельных клеток и культивирования отдельных клеток. Благодаря технологии рамановской спектроскопии одиночных клеток с меченым стабильным изотопом субстратом, RACS-Seq позволяет проводить прямую классификацию видов микроорганизмов и измерение широкого спектра метаболических фенотипов (и их межклеточной гетерогенности) для отдельных клеток бескультивационным способом.
В RACS-Seq каждая отдельная клетка, отсортированная на основе ее метаболического феномена с помощью оптических пинцетов, может быть инкапсулирована в микрокаплю для амплификации ДНК/РНК одиночной клетки, что позволяет получать библиотеки нуклеиновых кислот одиночных клеток с высоким уровнем покрытия и низким уровнем систематической ошибки. Кроме того, с помощью этого прибора можно сортировать и культивировать отдельные бактериальные клетки в микрокаплях.
Первый коммерческий инструмент для рамановской сортировки и секвенирования одиночных клеток. Финансируется программой инноваций в области научных приборов CAS, финансируется программой развития научного приборостроения NSFC.
Особенности продукта RACS-Seq
- Быстрое многомерное фенотипическое профилирование метаболических явлений без маркировки:
- преимущество рамановской спектроскопии одиночных клеток состоит в том, что она не требует маркировки, не разрушает образец и позволяет быстро измерить метаболические фенотипы клеток, а также может быть дополнена секвенированием отдельных клеток. На основе рамановских спектров можно идентифицировать отдельные виды клеток, а также параллельно анализировать межклеточную гетерогенность и группы метаболических фенотипов по таким параметрам как метаболизм субстрата, синтез веществ, сети взаимодействия метаболитов, экологический стресс и межвидовые взаимодействия;
- точное, быстрое и легкое получение клеток-мишеней с сохранением их активности in situ:
- основанный на запатентованном чипе RAGE, RACS-Seq может легко контролировать траекторию движения отдельных клеток (диаметром> 0,5 мкм) целевых спектров рамановского рассеяния с помощью оптического пинцета, точно фиксировать их, а затем быстро экспортировать в микрокапли пиколитрового размера. Он обеспечивает сортировку отдельных функционально активных клеток на основе метаболических признаков по принципу «вы получаете то, что видите»;
- экстракция и амплификация одноклеточной ДНК/РНК с низким уровнем систематической ошибки и высоким охватом последовательностей:
- благодаря запатентованной технологии RAGE-Seq, RACS-Seq значительно снижает погрешность множественной амплификации смещения (MDA). Покрытие всей последовательности генома одной клетки E. coli может достигать более 90% (за счет амплификации пиколитровых количеств ДНК одиночных клеток в микрокаплях), что намного выше, чем в контрольной группе (23%; амплификация в микролитровых объёмах).
Технические параметры сортера RACS-Seq
|
Области применения
|
Клетки и ткани человека и животных, исследование образцов окружающей среды, океана, почвенной флоры
|
|
Размер клеток
|
1-35 мкм (клетки бактерий и грибов); может быть увеличен для клеток микроводорослей, растений, животных и человека
|
|
Загрузочная концентрация
|
10⁴ КОЕ/мл
|
|
Сортировочная среда
|
жидкая фаза
|
|
Метод сортировки
|
оптический пинцет
|
|
Скорость сортировки
|
2-10 активных единичных клеток/мин
|
|
Скорость метаболического анализа
|
20-200 клеток/мин
|
|
Процент одиночных клеток
|
80-100%
|
|
