Наборы SENSE mRNA-Seq Barcode Kit for Ion Torrent предназначены для мультиплексирования при получении библиотек с помощью наборов SENSE для РНК-секвенирования на платформе Ion Torrent.

В каждый набор входит 12 баркодов, позволяющих объединять в библиотеку до 8 или 24 образцов. Пришивка баркодов происходит на стадии обратной транскрипции-лигирования. Баркоды представляют собой 17-нуклеотидные последовательности на 5’-концах ридов; 9 уникальных нуклеотидов фланкированы справа и слева константными 4-нуклеотидными структурами (TCAG-баркод-CGAT).

Наборы SENSE mRNA-Seq Barcode Kit for Ion Torrent предназначены для мультиплексирования при получении библиотек с помощью наборов SENSE для РНК-секвенирования на платформе Ion Torrent.

В каждый набор входит 12 баркодов, позволяющих объединять в библиотеку до 8 или 24 образцов. Пришивка баркодов происходит на стадии обратной транскрипции-лигирования. Баркоды представляют собой 17-нуклеотидные последовательности на 5’-концах ридов; 9 уникальных нуклеотидов фланкированы справа и слева константными 4-нуклеотидными структурами (TCAG-баркод-CGAT).

Набор для приготовления библиотек для секвенирования определённой (+ или -) цепи мРНК, включающий все необходимые компоненты.

Эти библиотеки предназначены для следующих задач:

• построение точного экспрессионного профиля;
• секвенирование транскриптома;
• выявление и количественная оценка антисмысловых транскриптов и перекрывающихся генов.

Исходным материалом для получения библиотек является суммарная РНК. С помощью набора SENSE можно получать библиотеки для секвенирования на платформе Ion Torrent (аналогичный набор предлагается для платформы Illumina). Предусмотрена возможность мультиплексирования – могут использоваться инлайн-баркоды (Cat. No. 007.08 и 007.24), позволяющие объединять в одну библиотеку до 24 образцов.

В состав набора входят все необходимые компоненты для подготовки библиотеки:

• набор реагентов для получения библиотеки;
• комплект для обогащения мРНК Poly(A) RNA Selection Kit;
• набор буферов и колонок для очистки РНК;
• дополнительные реагенты не требуются.

При получении библиотеки с помощью наборов SENSE используется технология замещения цепи stop/ligation. В отличие от технологии переключения цепи в протоколах с фрагментацией, эта технология даёт минимальное количество антисмысловых артефактов, что делает наборы SENSE незаменимыми при цепь-специфичном секвенировании РНК и выявлении антисмысловых транскриптов.

Входящий в набор Poly(A) RNA Selection Kit (его можно также приобрести отдельно) обеспечивает эффективную элиминацию рибосомальной РНК. Доля ридов рРНК составляет не более 0.001%.

Набор для приготовления библиотек для секвенирования определённой (+ или -) цепи мРНК, включающий все необходимые компоненты.

Эти библиотеки предназначены для следующих задач:

• построение точного экспрессионного профиля;
• секвенирование транскриптома;
• выявление и количественная оценка антисмысловых транскриптов и перекрывающихся генов.

С помощью набора SENSE можно получать библиотеки для секвенирования на платформе Illumina (также имеется аналогичный набор для Ion Torrent). Исходным материалом для получения библиотек является суммарная РНК. В состав набора входят индексы i7 (7001-7096) для бар-кодирования, а также предусмотрена возможность использования четырёх внешних индексов i5 (Dual Indexing Add-on Kit, Cat. No. 047). Это позволяет объединять до 384 образцов в одну библиотеку. Всего доступно 9216 комбинаций для секвенирования на платформе Illumina.
В состав набора входят все необходимые компоненты для подготовки библиотеки:

• набор реагентов для получения библиотеки;
• комплект для обогащения мРНК Poly(A) RNA Selection Kit;
• набор индексов для бар-кодирования Lexogen i7 6 nt Index Set (7001-7008, 7001-7024 или 7001-7096, в зависимости от размеров набора);
• набор с магнитными частицами для очистки РНК;
• дополнительные реагенты не требуются.

При получении библиотеки с помощью наборов SENSE используется технология замещения цепи stop/ligation. В отличие от технологии переключения цепи в протоколах с фрагментацией, эта технология даёт минимальное количество антисмысловых артефактов, что делает наборы SENSE незаменимыми при цепь-специфичном секвенировании РНК и выявлении антисмысловых транскриптов.

Входящий в набор Poly(A) RNA Selection Kit (его можно также приобрести отдельно) обеспечивает эффективную элиминацию рибосомальной РНК. Доля ридов рРНК составляет не более 0.001%.