Набор предназначен для получения библиотеки из геномной ДНК в полевых условиях, когда ограничена возможность хранения реагентов при низких температурах. Процесс пробоподготовки основан на транспозазном расщеплении ДНК с последующей пришивкой сиквенсных адаптеров и занимает не более 10 минут.
Особенности набора:
время пробоподготовки
|
10 минут
|
требуемое количество ДНК
|
400 нг высокомолекулярной геномной ДНК
|
необходимость ПЦР
|
нет
|
фрагментация ДНК
|
транспозазная
|
длина рида
|
случайная, зависит от длины исходных фрагментов
|
производительность
|
1-2 гигабазы за 6 часов, 4-8 гигабаз за 48 часов
|
совместимые протоколы
|
Field Sequencing;
|
количество библиотек
|
6
|
условия хранения
|
до 1 месяца при температуре до +30 °С; до 3 месяцев при +4-8 °С
|
Набор оптимизирован для хранения при температуре окружающей среды, так как реагенты в его составе находятся в лиофилизированном виде.
Количество стадий пипетирования и время подготовки минимальны, поэтому набор даёт возможность получения длинных ридов, но максимальная длина зависит от качества исходной ДНК.
Рекомендуемое исходное количество ДНК — не менее 400 нг. Возможно получение библиотеки из меньшего количества ДНК, а также из фрагментированной ДНК, но производительность будет ниже.
Так как при получении библиотеки отсутствует стадия ПЦР, данный набор пригоден для выявления модифицированных нуклеотидов.
В состав Field Sequencing Kit также входит набор Flow Cell Priming Kit для загрузки библиотеки в поточную ячейку.
Дополнительные расходные материалы:
- 1,5 мл пробирки типа Эппендорф с низкой адгезивностью DNA LoBind (30108051);
- 0,2 мл тонкостенные пробирки для ПЦР PCR-02-C);
- вода, не содержащая нуклеаз (R0581).
Дополнительное оборудование:
- термостат или любое устройство с нагревом до +80 °С;
- набор автоматических пипеток переменного объёма — от 0.5 до 10 мкл (например, Eppendorf 3120000020), от 2 до 20 мкл (например, Eppendorf 3120000038), от 10 до 100 мкл (например, Eppendorf 3120000046), от 20 до 200 мкл (например, Eppendorf 3120000054) и от 100 до 1000 мкл (например, Eppendorf 3120000062);
- наконечники с фильтром к автоматическим пипеткам.